Indonesia adalah negara kepulauan terbesar dan negara dengan populasi terbanyak nomor empat di dunia. Terdiri dari lima pulau besar dan 30 kepulauan kecil, jumlah keseluruhan mencapai 17.508 pulau dengan 6000 di antaranya telah dihuni. Terbentang sepanjang 5.150 km di antara benua australia dan asia serta membelah samudera hindia dan pasifik di bawah garis kathulistiwa. Nama Indonesia adalah campuran dua kata yunani: ?Indos? berarti Indian dan ?Nesos? berarti kepulauan. Lima pulau-pulau terbesar adalah Kalimantan atau lebih tepat dikatan dua pertiga pulau Borneo (539.450 km?), Sumatera (473.606 km?), Papua, yang setengahnya adalah bagian dari New Guniea (421.952 km?), Sulawesi (189.035 km?) serta jawa dan madura (132.035 km?). Sebagai sebuah republik yang demokratis, Indonesia terbagi menjadi 32 Provinsi dan daerah otonomi khusus serta secara geografis dapat dipilah menjadi 4 kelompok. Pertama adalah sunda besar, meliputi pulau-pulau besar seperti Sumatera, Jawa, Kalimantan dan Sulawesi. Kedua adalah sunda kecil meliputi pulau-pulau kecil dari bali hingga (arah timur) Timor. Ketiga adalah Maluku termasuk juga semua pulau di antara Papua dan Sulawesi. Kelompok ke empat adalah papua yang terletak di ujung paling timur negara kesatuan republik Indonesia. Posisi ynag strategis dari kepulauan serta sejarah Indonesia, baik politik maupun ekonomi telah dikondisikan sedemikan rupa oleh letak geografisnya.

Bagian terpenting dari negara ini ditentukan oleh dalam batas rantai hujan gari kathulistiwa. Hal ini memiliki karakter sebuah iklim tropis. Posisi georafis juga menjadikan Indonesia menjadi sebuah kepulauan yang sebagian pulau kecilnya dikelilingi oleh lautan. Hal tersebut juga memungkinkan sebuah sirkulasi udara yang aktiv. Hasilnya, iklim yang ada tidak terlalu berbeda dengan daerah kathulistiwa lainnya di samudera-samudera lainnya di seluruh dunia. Hujan melimpah, temperatur dan kelembaban yang tinggi menjadi iklim rata-rata daerah Indonesia. Rata-rata temperatur terendah adalah 18 derajat celcius. Lebih lanjut lagi kedekatan dengan benua asia dan australia memberikan kepulauan indonesia krakteristik asia yang menjadi alternativ sesuai dengan musimnya. Perdagangan dan angin musim hujan datang dari samudera hindia dan pasifik menyifatkan karakter iklim tropis.

Kepulauan Indonesia letaknya menjadi satu dari batas geografis penyebaran hewan yang paling luar biasa di dunia, merujuk balik ke zaman es ketika banjir besar melanda dunia. Pada zaman es, Jawa, Sumatera Kan kalimantan terletak pada dataran Sunda serta menyatu dengan lainnya ke dataran benua Asia, sedangkan Papua dan benua Australia terletak pada sahul tersendiri pada zaman tersebut. Segresi geografis tersebut menjelaskan mengapa beberapa spesies fauna purba ditemukan di Jawa, Sumatera dan Kalimantan sama sekali berbeda dengan yang berada di Papua. Sama seperti juga beberapa binatang liar yag ada di Papua tidak ditemukan di daerah lain.

Daerah di antara dua patahan (Maluku, Sulawesi, dan kepulauan Sunda kecil) mempunyai jenis kekayaan fauna yang unik. Bagian terbesar dari fauna daerah tidak ditemukan di Sulwesi, meskipun hanya berjarak 50 km dari kalimantan menyeberang selat makasar, dan pulau-pulau, seperti Seram dan Halmahera, yang terdekat dengan papua sebagian besar tidak memiliki fauna. Hal ini disebabkan hadirnya sebuah selat yang dalam antara Kalimantan dan Sulawesi serta dalamnya laut Banda sehingga kelompok pulau-pulau tidak pernah saling berhubungan satu sama lainnya pada zaman es. Para ilmuwan menggambarkan situasi ini ke dalam tiga era fauna: Wallace ( era pergeseran dari selatan menuju utara lewat selat Lombok dan Makasar, berakhir hingga tenggara Filipina), Weber (era pergeseran dan melewati lautan antara Maluku dan Sulawesi) dan Lydekker (era pergeseran daerah tepi sahul , yang menyusuri perbatasan barat Papua dan benua Australia)- meskipun sebagian dari mereka lebih suka mengkarakteristikkanya daerah tersebut sebagai sebagai ?subtractible transition zone?.

Informasi yang diperoleh dari catatan paleontology menyatakan bahwa jumlah spesies ynag diketahui pada hari ini lebih sedikit dari masa lalu. Punahnya sebagian spesies binatang tersebut kemungkinan terjadi karena kelaziman proses ekologi dan proses evolusi terkait dengan berbagai faktor kenaikan batas air laut, perubahan iklim dan habitat. Sebagai contoh, di Jawa, setidaknya lebih dari 75 spesies mamalia yang diketahui sebagai fosil, 35 telah punah, 20 masih selamat dan 20 lainnya punah di jawa akan tetapi masih ditemukan di tempat lain di asia. Proses kepunahan binatang di pulau jawa pada akhir-akhir ini terkait dengan pengaruh manusia terhadap ekosistem yang ada.

Orang utan (pongo pygemaeus), ditemukan hanya di Sumatera dan Kalimantan, sangat bergantung sekali terhadap habitat hutan asalnya. Oleh sebab itu untuk melindungi habitat mereka, Indonesia bekerjasama dengan World Wildlife Fund (WWF) telah mendirikan Proyek ?Rehabilitasi Orang Utan? di kawasan Bahorok dan Tanjung Puting, khususnya di Sumatera dan Kalimantan, untuk melatih kembali orang utan yang pernah tertangkap agar bisa kembali hidup di alam bebas.

Komodo (Varanus komoensis) adalah kadal terbesar di dunia, mencapai panjang hingga 2 dan 3 meter, berasal dari kelompok cara satwa komodo, melingkupi pulau komodo, padar dan rinca, di timur pulau jawa, di bagian pantai barat pulau flores.

adalah musang besar (Macrogalidia musschenbroeki), musang terbesar di antara musang lainnya, kelompok spesies tarsier (Tarsius spectrum) dan bentuk lainnya dari makau sulawesi (Cynopithecus niger).

Di antara banyaknya spesies burung di Sulawesi, dua spesies burung megapode, unggas maleo dan shrubhen sulawesi adalah yang sangat menarik. Daerah papua dan maluku sangat kaya dengan aneka ragam burung berwarna, mulai dari kasuari bersuara indah yang tidak terbang (casuarius) hingga burung-burung berbulu bersinar dari keluarga burung Paradiseidae dan Ptilinorhynhidae (kesemuanya lebih dari 40 spesies) serta sejumlah keluarga burung beo

Anggota lainnya dari fauna timur adalah burung enggang keluarga Bucerotidae, yang terkenal karena keindahan paruh dengan kaki yang kurus, gajah (elephas indicus), menjelajahi hutan-hutan kalimantan dan sumatera, harimau sumatera (panthera tigris sumatrae), serta sejumlah kecil harimau jawa (panthera tigris sondaica) yang tersisa macaquel mentawai dan monyet mentawai (macoca pagensis dan prebystis potenziani) hanya ditemukan di pulau mentawai, di sebelah barat pantai sumatera, sejumlah kecil badak bercula satu (rhinoceros sondaicus) hanya ditemukan di cagar alam ujung kulon, jawa barat.

Indonesia terletak ke dalam wilayah tumbuhan melanesia, meliputi semenanjung selatan Malaysia, kepulauan Indonesia, Filipina serta seluruh Papua New Guinea dan Papua kecuali pulau Salomon. Sebagian besar wilayah Melanesian tertutupi oleh tumbuhan hujan tropis yang lebat dan subur, lahan yang senantiasa basah ini memiliki sejumlah besar spesies pepohonan yang meliputi epiphytes, saprophytes dan lianas. Karakteristik tersebut dan sejumlah besar spesies genus serta spesies endemic dalam wilayah ini menjadikan kekayaan flora Indonesia menjadi sangat berbeda dengan daratan benua tetangga di Asia dan Australia, begitu juga dengan flora daerah tropis lainnya dari belahan dunia yang lain. Kekayaan wilayah melanesia diwakili sebagian besar oleh bagian yang dimiliki Indonesia, tergambar dari hunian bagi hampir 40.000 spesies tumbuhan, atau sekitar 10-12 % dari jumlah perkiraan spesies tumbuhan di seluruh dunia.

Dengan ketinggian 1000 m, pengembangan yang lebih baik dari apa yang termasuk ke dalam kelompok temperatur normal dapat dilihat seperti adanya rosaceae, lauraceae, fogaceae dll. Di dataran yang lebih tinggi, ditemukan hutan elfin atau lumut dan tumbuh-tumbuhan alpen, akan tetapi jika dibandingkan hal ini menjadi tidak signifikan karena sebagian besar bagian Indonesia adalah lahan yang berada di dataran rendah.

tertentu akan tetapi tidak memproduksi daun. Dari daerah yang sama di Sumatera terdapat juga tumbuhan lainnya yang besar, Amorphoplalus titanium, dengan tampilannya yang sangat besar. Tanaman pemakan serangga (nepenthea Spp) memiliki beberapa spesies yang berbeda dari daerah lainnya di barat Indonesia. Anggrek myrad yang ditemukan di Indonesia sangat kaya akan bentuk dan ukurannya, termasuk sebagai anggrek terbesar, angrek macan grammatophyllum speciosum, hingga yang spesies terkecil dan mungil taeniophyllum yang digunakan masyarakat setempat sebagai makanan dan kerajinan tangan. Lahan tanah di Indonesia sangat kaya akan air sehingga memungkinkan tumbuhnya jamur seperti grow lux horsehair blight, spesies luminescent, mould jelanga dan jamur hitam.